南京有南京大学、东南大学、南京理工大学、南京航空航天大学、河海大学、南京师范大学、南京农业大学、南京邮电大学、南京艺术学院、南京工业大学、南京财经大学等53所大学。
南京大学简称南大，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，中央直管高校，位列双一流A类、211工程、985工程重点建设高校。南京大学其学脉可追溯自公元258年的南京太学，近代校史肇始于1902年创建的三江师范学堂，1920年在中国国立高等学府中首开女禁，引领男女同校之风。最早在中国开展现代学术研究，建立中国最早的现代科学研究实验室，成为中国第一所以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体的现代大学，被国际上誉为东方教育的中心。